实践中，商业特许经营合同纠纷案件中常见的法律问题主要集中在以下几个方面：

　　(一)商业特许经营合同纠纷案件中被特许人主体问题

　　一般特许经营合同都是由特许人与自然人之间签订的，合同签订以后，自然人基于其他法律法规的规定，在履行合同中会设立经营实体如有限责任公司、个体户等，那么这种情况之下的特许经营权是否必然转让?

　　特别是在合同中如果有明确约定禁止转让的情况之下，作为自然人的被特许人需要与他人合作成立有限责任公司，特别是在成立有限责任公司以后签署特许经营合同的当事人股东又将其股权转让给了其他人，这种情况之下的被特许人主体应该怎么界定?权利义务是否应该视为概括转移。

　　这造成被特许人主体身份因上述原因而不清晰的问题。

　　(二)商业特许经营合同纠纷案件中合同性质的认定问题

　　不少特许人为了规避备案的行政管理强制性规定，经常在实际经营中以代理销售、授权使用、总经销等协议名称，或采用不收取加盟费的方式掩盖特许经营的实质;

　　也有个别委托代理合同当事人，依据《商业特许经营管理条例》的规定，以对方当事人未履行信息披露义务，请求解除相关合同。

　　这造成实践中经常出现特许经营合同按照一般其他经营合同审查处理，而其他一般经营合同又与特许经营合同混同的问题。

　　(三)商业特许经营合同纠纷案件中两店一年及备案效力问题

　　从《商业特许经营管理条例》实施以来，有关机关受理的民事纠纷和行政投诉案件来看，“特许人不具备两店一年和没有备案”一度成为被特许人向商务行政机关投诉的主要问题，也曾经有很多的被特许人以此为由请求法院确认合同无效。

　　但“两店一年”的经营条件和特许经营合同的行政备案是否会影响合同的效力，成为解决特许经营纠纷的首要问题。

　　(四)商业特许经营合同纠纷案件中信息披露问题

　　在《商业特许经营管理条例》的执法实践中，信息披露一直是困扰行业主管部门、司法和行政执法机关、特许经营企业的重要问题，哪些信息应该披露?

　　什么时候披露?以什么形式披露?在披露过程中怎么样保护知识产权或商业秘密?在信息披露过程中出现与《商业特许经营管理条例》第17条相冲突的内容怎么处理等等，都是一直备受关注的问题。

　　特许人认为，由于《商业特许经营管理条例》不仅规定信息披露应该提前三十天完成，而且披露的内容众多详尽，势必导致商业秘密被侵犯，特别是同业竞争中的恶意行为更是防不胜防。

　　行业主管机关认为《商业特许经营管理条例》规定信息披露是为了保障行业的稳步发展，规制当事人之间的诚信交易，参照了世界上诸多先进和发达国家的做法并结合中国国情制定的，对于保护被特许人有特殊的意义和作用。

　　司法机关认为既然《商业特许经营管理条例》有规定，当事人据此请求就应该予以支持。各方对此观点莫衷一是，导致信息披露在实践中仍是一个重要的待解决的问题。

　　(五)合同被解除、撤销或确认无效以后的处理问题

　　随着《商业特许经营管理条例》的实施，一方面，法院和行政机关受理的商业特许经营投诉与诉讼案件大幅上升，另一方面，由于社会上公认特许人涉嫌商业欺诈，被特许人处于弱势和劣势地位，导致对特许人违法行为的行政处罚案件和判令合同解除、撤销等特许人败诉的案件越来越多，这势必出现一个法律后果即：合同被解除以后特许经营费用以及当事人损失赔偿费用如何处理的问题。

　　此前，很多法院认为合同无论是被解除、撤销、确认无效，特许人应该返还被特许人缴纳的特许经营费用，被特许人应该返还依合同取得的特许产品，有的要求特许人赔偿被特许人的实际损失甚至预期利益损失。