特许经营在中国的增长势头有增无减，根据《条例》及《商业特许经营备案管理办法》的规定，特许经营备案的整体流程，应该包括以下几个环节：
1、准备备案材料
　　特许人首先应准备企业自身能够准备的下列材料(1)商业特许经营基本情况;(2)中国境内全部被特许人的店铺分布情况;(3)特许人的市场计划书;(4)企业法人营业执照复印件或其他主体资格证明的复印;(5)与特许经营活动相关的商标权、专利权及其它经营资源的注册证书复印件;(6)特许经营合同样本;(7)特许经营操作手册的目录 (8)经法定代表人签字盖章的特许人承诺;(9)如果开展特许经营的产品和服务根据国家法律法规规定需要经过批准的，须提交相关主管部门的批准文件。
2、申请开具两店一年证明
　 根据《条例》规定，“两店一年”的证明由直营店所在地的设区的市级商务主管部门开具，直营店在不同地区的，分别由其所在地的社区的市级商务主管部门开具。办理特许经营两店一年证明需要向相关部门提供的材料，各省市不完全一致，需要个别落实，一般需要提交以下材料：(1)申请函(说明企业情况并申请出具直营店证明的公函);(2)年检通过的企业(法人)营业执照副本原件和复印件(需加盖企业公章);(3)相关直营店营业执照副本原件和复印件;(4)企业法人代表(或非法人企业的负责人)身份证原件和复印件;(5)直营店铺所在地租赁协议;(6)直营店铺所用房屋租赁协议、产权证;(7)直营门店内外照片各一张(照片及电子文档);(8)特许经营合同样本;(9)与特许经营直接相关的商标权、专利权及其它经营资源的注册证书(如果注册商标、专利、其他经营资源已由相关部门受理的，需提交受理通知书;如果注册商标、专利、其他经营资源是他人授权使用的，需提交许可使用授权书)原件及复印件;(10)直营店经营情况表;(11)国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品(汽车、书报杂志、药品、农药、农膜、原油、成品油、化肥、音像制品、粮食、植物油、食糖、烟草、棉花等)和服务，须提交相关主管部门的批准文件的原件及复印件;(12)企业委托受委托人办理的，提交授权委托书原件和复印件及受托人的身份证原件和复印件。以上材料一式两份。
　　需要注意的是，直营店位于境外的，特许人应当提供直营店营业证明(含中文翻译件)，并经当地公证机构公证和中国驻当地使领馆认证。在2007年5月1日前已经从事特许经营活动的特许人不适用于上款的规定，但应当提交特许人与中国境内的被特许人订立的第一份特许经营合同。
3、到备案商务主管部门领取备案号
　　(1)备案主管部门的确定
　　根据《条例》第八条和《办法》第三条的规定，商务部及省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门是商业特许经营的备案机关。在省、自治区、直辖市范围内从事商业特许经营活动的，向特许人所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案;跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，向商务部备案。2009那年4月商务部下发通知，将跨省从事商业特许经营活动的企业备案工作委托省级商务主管部门承担。2011年11月7日通过的修订后的《商业特许经营备案管理办法》第四条规定，商务部可以根据有关规定，将跨省、自治区、直辖市范围从事商业特许经营的备案工作委托有关省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门完成;第四条第二款规定，受委托的省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门未依法行使备案职责的，商务部可以直接受理特许人的备案申请。2012年8月17日，商务部办公厅在关于进一步做好商业特许经营管理工作的通知中规定，各省级商务主管部门可根据实际需要，将备案材料受理和初审工作交由县级以上商务主管部门承担，以加强对特许人的属地化管理。
　　据此，自2009年5月1日起，除了境外特许人备案工作仍由商务部承担外，其他开展特许经营活动的特许人应向省级商务主管部门进行备案，部分地级市或县负责备案材料的受理和初审工作。但也有个别省把备案工作授权给了下属的地级市。例如，河北省2012年12月6日发布《河北省关于下放商业特许经营备案工作的通知》，自2013年1月1日起，商业特许经营备案工作交由设区市商务局办理，县(区)级商务部门负责出具“两店一年”证明。《山西省商业特许经营备案管理办法(试行)》第五条规定，在山西省境内从事特许经营的特许人向所在地设区市商务主管部门备案，跨市经营的向省商务厅备案。
　　因此，我国负责特许经营备案的部门包括商务部商务主管部门、省级商务主管部门和部分设区市级商务主管部门。
　　(2)领取备案号(登录号)
　　登录号是特许人通过网络申请备案的唯一身份凭证，特许人在获取商务部备案系统网站登录号以后，输入登录号及密码，即可进行备案页面的备案操作，上传和修改文件。通过登录号的投放和获取，保证特许人能在自己的空间中接受公众的监督和备案机关的管理，将不确定的安全因素降低到最低。领取登录号只是申请备案前的一个身份审查过程，正如企业办理登记以前应该去工商行政管理机关领取登记表格一样，属于备案前的准备工作之一，不属于《条例》第九条规定的期限开始之日正式申请备案时间应从特许人获得登录号以后通过网络提交全部文件资料完成之日起开始计算。
4、网上备案申报
　　(1)登录备案页面。特许人须登录“商业特许经营信息管理系统”的企业端登录页面：http://txjy.syggs.mofcom.gov.cn/，在左侧“企业登录”处输入备案机构发放的用户名和密码、验证码，(密码有大小写之分)。首次登录后，系统会强制要求用户修改密码，系统会列出在领取号码时录入的经办人信息供用户核对，并补充输入“联系人手机电话号码”这一项，点击保存后系统会自动退出。退出以后，系统会直接跳转至登陆页面，直接输入备案机关核发的用户名及上述步骤中设置的新密码，系统左侧立即提示特许人名称为备案申请人，即特许人企业名称，同时注明备案机关的名称是商务部或省自治区直辖市商务行政管理机关，此时显示的备案企业备案状态一般为“未提交”(还有已申报、已备案两种状态)，同时备案号显示为空白，待备案通过后即可显示备案号。(2)直接在网上填报下列三项材料：1)商业特许经营基本情况;2)中国境内全部被特许人的店铺分布情况;3)特许人的市场计划书。(3)下列七项材料应当在网上提交便携文件格式(PDF)的电子版材料：4)企业法人营业执照复印件或其他主体资格证明的复印件;5)与特许经营活动相关的商标权、专利权及其它经营资源的注册证书复印件;6)由设区的市级商务主管部门开具的符合《条例》第七条第二款规定的证明文件;直营店位于境外的，特许人应当提供直营店营业证明(含中文翻译件)，并经当地公证机构公证和中国驻当地使领馆认证(在2007年5月1日前已经从事特许经营活动的特许人不适用于上款的规定，但应当提交特许人与中国境内的被特许人订立的第一份特许经营合同);7)特许经营合同样本;8)特许经营操作手册的目录(须注明每一章节的页数和手册的总页数，对于在特许系统内部网络上提供此类手册的，须提供估计的打印页数);9)国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件;10)经法定代表人签字盖章的特许人承诺。(4)提交申请。用户填完所有需要填报的资料，可以点击“另存为word”把申报表格保存，经核实无误后，也可以点击“申报”提交申请，同时在申报后，该备案企业的备案状态变更为“已申报”此后，用户将不能再自行修改申报材料内容。
5、商务主管部门审核公布
　　根据《商业特许经营备案管理办法》第十条的规定，备案机关在收到特许人提交的符合本办法第五条规定的文件、资料之日起10日内予以备案，并在商务部网站予以公告。上述规定的起始时间以备案机关收到申请备案的特许人网上申报材料之日计算，如果特许人提交的资料不符合规定的要求，备案机关会要求申请备案的特许人在7日以内补充有关资料需要补充资料的，起始时间从申请备案的特许人补交资料之日起重新计算。备案管理机关发现已经通过的备案企业出现上述情况，核实情况后，有权直接撤销该企业备案，通过特许人预留的电子信箱通知备案特许人，并在撤销备案企业名录中予以公布。