产权构成不同。连锁经营是指同一资本所有，由总部集中管理，共同开展经营活动的高度组织化的零售企业。是否同一资本所有是区别连锁经营与其他经营形式的关键，也是连锁经营与特许经营本质上的区别。
    管理模式不同。特许经营的核心是特许权的转让，特许者（总部）是转让方，被特许者（加盟店）是接受方。特许体系是通过特许者与被特许者签订特许合同形成的，各个加盟店的人事和财务关系是独立的，特许者无权干涉。被特许者需要对特许者授予的特许权和提供的服务以某种形式支付报酬。而在连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权。分店经理作为总部的一名雇员，完全按总部意志行事。
    涉及的经营领域不同。连锁经营的范围一般仅限于商业和服务业，而特许经营的范围则宽广得多，在制造业也被广泛应用。
    法律关系不同。在特许经营中，特许者和被特许者之间的关系是合同双方当事人的关系，双方的权利和义务在合同条款中有明确的规定。而连锁经营不涉及这种合同（分店经理与总部的雇佣合同另当别论），总部和分店之间的关系由公司内部的管理制度进行调整。
    限制方式不同。特许经营通过招募独立的企业和个人扩张体系。特许者不仅需要吸引潜在的被特许者，还需选择被特许者，并为被特许者提供培训和服务。而连锁经营为了扩大规模，需要筹集足够的资金，配备大批的管理人员。相比之下，特许经营利用他人资产扩大市场占有率，所需资金较少；而连锁经营的发展更易受到资金和人员的限制。