特許商來面臨的最大風險是與加盟商的關系。主要問題在於：

　　一、特许经营被特许人對於獨立的願望

　　這是特許經營中最大的，也是最常見的問題。通常加盟商在加盟一段時間後，會做出一些成績，取得一定的成功。他們掌握了經營運作技巧後，就會要求離開該特許經營網絡，不再向特許商交納相關費用，以便獲得更多的盈利。在服務類或是加盟結合因素較少的特許經營中更是這樣。

　　二、特许经营企业可能面临承擔損害品牌聲譽的風險

　　在對加盟商進行甄選時，需要設定並保持高標准，並盡可能地通過科學的評估方法來進行。這與品牌的聲譽有著密切的聯系，因為僅根據資金能力而盲目選擇或是降低標准去選擇加盟商，特許商將面臨個別加盟商的不良行為影響整個品牌聲譽的危機。

　　三、特许经营备案企业对于被特许人制約力減弱

　　與分公司相比，特許商要求加盟商采用何種經營策略的難度會很大，因為加盟商無論在法律上，抑或財務上都具有獨立性。雖然加盟商必須要遵循一系列特許商規定的經營條款，但是有權用他認為最好的方式經營。協調其他供貨體系的困難特許商一般會出於質量等方面的考慮控制著加盟連鎖的供貨環節，而禁止使用其他可能的產品或服務的供應渠道。而如果加盟商拒絕按此執行的話，就會導致雙方的矛盾，甚至是關系的破裂。